И всё же в большей степени отличился Алексей Тимофеевич Борзецов не на военном, а на гражданском поприще. Его послужной список при царе Михаиле Фёдоровиче начался в 1624 г. в Можайске, куда он был направлен царём головой по постройке. На служебной лестнице в Русском государстве должность головы была ниже должности воеводы и, как правило, голова назначался как помощник воеводы и административно ему подчинялся.
Можайск начала XVII века, не избежал горькой участи разорения и упадка, в которые пришли русские города в результате лихолетья Смутного времени. Как и все города России, он молчаливо признал власть Лжедмитрия I, затем присягнул на верность царю Василию Шуйскому. Покорно отворил Можайск свои ворота для Лжедмитрия II, который вместе с поляками двигался через город из Польши в Тушино. Для управления Можайском Тушинский вор оставил в нём алчного до золота поляка Вильчека. Этот Вильчек продал город царю Василию всего за 100 рублей. Гетман Жолкевский надолго обосновался в Можайске и отсюда настойчиво призывал на московский трон польского королевича Владислава. Русские бояре были не против Владислава, однако настаивали, чтобы тот принял православие именно в Можайске. Не преуспев в своих требованиях, бояре согласились принять королевича и так. Никакими патриотическими подвигами не отметился Можайск в годы великой русской Смуты.
В 1612-1613 гг., отступая перед народным ополчением Минина и Пожарского, поляки и литовцы сожгли почти весь Можайск, предварительно разграбив его монастыри, храмы, государевы дворы. Исчезли целые слободы, улицы и переулки посада. Из 205 дворов, бывших в Можайске в 1598 г., осталось лишь 99.
После падения Смоленска в 1611 г., Можайск вновь превратился не только в пограничный, но и, по сути, в прифронтовой город. Воздвигнутый на российский трон юный царь Михаил Фёдорович прежде всего должен был защитить престол от притязаний польского королевича Владислава и его отца короля Сигизмунда. Разгорелась жестокая война.
Зимой 1617 г. по пути в Москву к восстановленной Можайской крепости подошёл с войсками польский королевич Владислав. Штурм был особенно жестоким. В городе беспрестанно происходили стычки осаждённых с осаждающими. Поляки били из пушек по крепости и Якиманскому монастырю, разграбили и сожгли оставшуюся часть посада, вырезали население. Оставив в тылу храбро обороняемый небольшим отрядом князя Фёдора Волынского Можайск, Владислав двинулся к Москве, которую ему взять не удалось. На обратном пути из под Москвы королевич разбил свою ставку в Борисовом Городище, откуда в середине лета 1618 г. подступил к Можайску. Однако защитники города во главе с боярином Борисом Михайловичем Лыковым мужественно оборонялись, сделали из острога вылазки, захватили пленных и неприятель вынужден был отступить к своей ставке. На помощь боярину Лыкову был направлен князь Дмитрий Мамстрюкович Черкасский, который сообщил царю, что неприятельские войска пытаются организовать осаду Можайска и перекрыват дороги к городу. Лыков, в свою очередь, доносил, что неприятель продолжает делать приступы, воевода князь Дмитрий Мамстрюкович Черкасский ранен, за Якиманским монастырем и за рекою Можаею выкопаны многочисленные шанцы, откуда идёт беспрестанный обстрел острожков. Более 1,5 тысяч казаков отражали в Можайске атаки осадивших город польских войск королевича Владислава, число погибших защитников превысило тысячу человек. Благодаря героизму русских, Можайск сумели отстоять, а в 1619 г. с поляками заключили 14-летний мир.
Эту временную передышку в войне решили использовать для укрепления обороны приграничных городов, главным из которых стал Можайск. Работы по восстановлению города и крепости от последствий разрухи и подготовку его к следующей неизбежной русско-польской войне были начаты в 1624 г. и были продолжены в 1625 г. «Того же году велено город Можаеск доделывать Ивану Васильеву сыну Измайлову да Григорью Семенову сыну Бутикову, а с ними указал Государь быть головам, дворяне: Данило Данилов сын Шенгурской, Матвей Михайлов сын Унковской, Матвей Володимеров сын Долгой-Сабуров, Чаадай Васильев сын Спешнев; Алексей Тимофеев сын Борзецов». Как видим, Алексей Тимофеев сын Борзецов к этому времени получил чин московского дворянина. В 1626 г., то есть в рекордные сроки, в Можайске был выстроен каменный Кремль по типу московского Китай-города с двумя воротами и шестью башнями.
Для приёмки новой крепости 20 августа 1626 г. в Можайск была направлена комиссия во главе с боярином Борисом Михайловичем Лыковым. Комиссия доложила царю: «… город Можаеск каменной в отделке и обелен весь известью, и ворота и башни все покрыты … а худых мест и порченных и щелей по всему городу и по башням нет, и новое дело от стараво дела нигде не отстало; и во всем город сделан хорош, с башен и с стен и из подошвенных и из середних и из верхних боев биться мочно всякими бои …». Можайский Кремль стал мощным военно-инженерным укреплением, которое заменило находившуюся в руках поляков Смоленскую крепость. Он простоял до конца XVIII века, был разобран по ветхости, и память о нём сохранилась в городском гербе, данном Можайску в 1781 году.
Приглашение к царскому столу представляло собой в те времена особую награду для отличившихся дворян. «Того ж году Ноября в 8 день, на собор архистратига Михаила, у Государя Царя и Великаго Князя Михаила Фёдоровича всеа Русии был стол во передней избе; у стола были бояре: Михайло Борисович Шеин, князь Данило Иванович Мезецкой; околничей князь Григорей Костянтинович Волконской; … дворяня: Иван Петров сын Шереметев, князь Андрей княж Данилов сын Сицкой, Лукьян Степанов сын Стрешнев, Иван Васильев сын Измайлов, … Матвей Михайлов сын Унковской, Алексей Тимофеев сын Борзецов …». Так, за столом у царя оказались будущие подмосковные соседи вотчинники: Лукьян Степанов сын Стрешнев и Алексей Тимофеев сын Борзецов.
Восстановление государства, подготовка к предстоящей войне требовали притока финансов. В царствование Михаила Фёдоровича финансовой реформе через введение новых налогов уделялось первоочередное внимание. Но этих средств не хватало. Нужны были и другие источники. Ещё в царствование Иоанна Грозного Строгановыми началось промышленное освоение богатств Урала. Именно Строгановы финансировали и поддержали поход Ермака в Сибирь. «Не пожалейте своих животов, писал к Строгановым царь в 1616 г., - хоть и себя приведете в скудость. Рассудите сами: если от польских и литовских людей будет конечное разорение Российскому государству, нашей истинной вере, то в те поры и у вас, и у всех православных христиан животов и домов совсем не будет». В годы царствования Михаила Фёдоровича именно вновь присоединённая Сибирь и стала важным источником пополнения финансов Московского государства, так как с разорённых жителей внутренних областей много налогов собрать не удавалось и основным источником доходов царской казны были сибирские меха. Но в те годы путь в Сибирь и на Урал проходил через Вятские земли, через Верхнекамский волок. Расположенные на Вятке города Слобода и Шестаков во второй половине XVI века – первой половине XVII века стали исходными и перевалочными пунктами Верхнекамского волока – большого торгового пути на север – в Архангельск, на запад – в Казань и Москву, на восток – в Пермскую землю и Сибирь.
Вятская земля начала осваиваться русскими переселенцами задолго до татаро-монгольского нашествия. Однако основной приток русского населения, бежавших в эти места от захватчиков, пришёлся на XIV-XV вв. Город Слобода, расположенный на правом берегу реки Вятки, впервые упоминается Едемским летописцем под 1489 г. В 1560 г. выходцы из Слободы построили городок Шестаков. Население этих городов было многонациональным. Кроме русских, здесь проживали татары, чуваши, удмурты (вотяки), черемисы и представители других народов Поволжья, Урала и Западной Сибири.
Опись 1629 г. свидетельствует, что город Слобода на Вятке стоял «погнившим и развалившимся». В это время город имел «двои ворот, да две башни глухих, а меж дворов у башен 200 городень по мере около всего города 75 сажень и 8 церквей, из коих одна стояла без пения, 26 дворов церковнослужителей, 11 келий, а в них живут нищие и черные старцы, тюрьма, да около посада острог. В городе имелись 4 лавки, 11 кузниц, 47 огородов, рыбные ловли, квасной и свечной промыслы». В таком же состоянии был и расположенный рядом город Шестаков. А между тем эти два города благодаря своему географическому расположению имели исключительное значение для развития экономики России первой половины XVII века. Кроме того, в городах было развитое кузнечное ремесло, в том числе славились мастера златокузнечного дела. Чтобы исправить положение, наладить эффективное функционирование Верхнекамского волока, обеспечить поставки в центральные районы России уральских и сибирских товаров, учитывая накопленный на строительстве Можайска опыт, именно сюда, на Вятку, царь направил в декабре 1628 г. Алексея Тимофеевича Борзецова городовым воеводой (административная должность, введенная в середине XVI века правительством царя Иоанна IV Васильевича для управления городами и прилегающими к ним уездам), то есть повысив его в должности. С поставленной задачей он успешно справился и был отозван в Москву в 1631 г.
